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¡Empezamos a extraer el ADN! Entrevista a Miriam Alloza

Esta semana hemos empezado a extraer el ADN de las muestras. ¿Cómo se hace? ¿Quién se encarga? Hablamos con Miriam Alloza, técnica en la Unidad de Cribado Biomolecular y Tecnología de Proteínas en el Centro de Regulación Genómica (CRG). 

Hola Miriam, ¿podrías explicarnos cuál es tu papel (y el de tu unidad) en Saca La Lengua?
Mi papel es hacer la extracción y purificación de ADN microbiano de las muestras de saliva que se han recogido en toda España. En las muestras de saliva están presentes tanto las células humanas del donante como las células de las bacterias y hongos que queremos analizar, por lo que primeramente hay que separar los dos tipos de ADN.

El tour se acabó en abril, pero hasta ahora no habéis empezado a extraer. ¿Dónde han estado las muestras hasta ahora?
Estaban en el congelador, a -80º C. Durante el tour me llegaban las muestras en bloques de 300-400. Desde mayo hasta ahora se han hecho más recogidas con pacientes y han llegado de forma más esporádica. Cuando llegan a mis manos lo primero que hago es ordenarlas. La fase de almacenaje y preparación previa a la de laboratorio es muy importante. Se ordenan en cajas según su numeración (las muestras son anónimas pero cada una tiene un número de registro). En esta fase, también relleno una tabla Excel donde apunto la localización exacta de cada tubo: sin este documento sería imposible volverlas a encontrar después. Luego se ponen en el congelador a -80ºC hasta el momento de la extracción: sabemos que una vez ultra congelado, el ADN no pierde sus características ni se estropea, y tenemos margen para llegar en buenas condiciones hasta el momento del análisis.

¿Cuales serían entonces los pasos de la extracción del ADN?
El primer paso consiste en pasar las muestras a una placa que tiene 96 pocillos, que es el máximo de muestras que puede analizar, a la vez, el robot de pipeteo. Para la extracción de ADN se utiliza un kit diseñado específicamente para procesar muestras microbianas. Todas las muestras se pasan a unos tubos especiales que contienen unas bolitas de plástico muy pequeñas (su diámetro es de 0.1 mm). Estos tubos se ponen en una máquina que los agita enérgicamente: de esta manera, las bolitas impactan en las paredes de todas las células presentes en la saliva y dejan libre el ADN en el líquido que viene en el kit.

¿Y cómo se recoge el ADN microbiano, ahora que está suelto en estos tubos?
El paso de ruptura mecánica mediante las bolitas permite que se forme una mezcla de paredes bacterianas, membranas celulares, proteínas, lípidos y ADN tanto humano como bacteriano. Para separar las bolitas del otro material presente en las muestras que no nos interesa, usamos una centrífuga. La separación física ocurre por gravedad: el ADN se queda en la parte superior, mientras que todo lo demás se acumula en la parte inferior del tubo.
En la siguiente fase, estos tubos se pasan a un robot de laboratorio encargado de pasar las muestras de ADN a una placa que contiene una resina especial a la que sólo se adhiere el ADN microbiano, separándose así del ADN humano. A continuación, hacemos unos lavados para limpiar las muestras y, por último, utilizamos otro líquido para separar definitivamente el ADN microbiano de la resina. Llegados hasta aquí, nuestra labor ha terminado, y pasamos las muestras al siguiente servicio técnico.

¿Cual dirías que ha sido el principal reto de Saca La Lengua, desde el punto de vista de vuestra unidad?
El principal reto ha sido adaptarnos a un tipo de experimento que nunca habíamos hecho: yo estoy más especializada en producción y purificación de proteínas recombinantes y todo era bastante nuevo porque teníamos muestras humanas con las que no estábamos acostumbrados a trabajar. Tuvimos que hacer una puesta a punto del proyecto, probando diferentes kits, diferentes marcas, diferentes protocolos…éramos los conejillos de indias, utilizaba mi saliva para todas las pruebas o le pedía a algún voluntario del laboratorio. Finalmente conseguimos que el ADN de bacterias se detectara fácilmente, pero no veíamos el de hongos. Seguimos investigando hasta conseguirlo…

Saca La Lengua es un proyecto participativo y colaborativo a muchos niveles. ¿Ha sido distinto a otros proyectos que lleváis a cabo dentro de vuestra unidad?
Parte de mi trabajo es interaccionar con otros investigadores: soy parte de un servicio y hablar con ellos directamente me ayuda a encontrar la mejor solución para su problema científico. Sin embargo, en el caso de este proyecto fue interesante abrir este intercambio de ideas desde el inicio y ampliar la colaboración con el departamento de Comunicación del CRG y los demás servicios técnicos del centro. Además, gracias a este proyecto he tenido la oportunidad de interaccionar con los profesores y también “donantes” de saliva. Pude comprobar de primera mano que tenían muchas ganas de participar y ayudar, también mucha curiosidad científica cosa que me fue muy grata: no solo extraía el ADN sino que de alguna manera mi trabajo servía para que a chicos y chicas de toda España se les despertara un interés científico.